ภายหลังจากที่คณะเจรจาทั้ง 2 ฝ่าย (ไทย-ญี่ปุ่น) ได้พบหารือกันอย่างเป็นทางการครั้งล่าสุด เมื่อวันที่ 1-3 กุมภาพันธ์ 2549 ณ กรุงโตเกียว โดยรองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ ของไทย (ดร.สมคิด จาตุศรีพิทักษ์) และคณะบุคคลสำคัญของฝ่ายญี่ปุ่น ได้ตกลงกันในประเด็นสำคัญที่เหลือได้ทั้งหมด โดยในส่วนของเรื่องกฏแหล่งกำเนิดสินค้า ฝ่ายไทยได้เจรจาให้ฝ่ายญี่ปุ่นยอมรับ หลักเกณฑ์ที่เอื้อประโยชน์ต่อสินค้าเกษตรและประมงแปรรูปของไทย และทั้งสองฝ่ายยังได้ตกลงที่จะหารือรายละเอียดโครงการความร่วมมือรวม 7 เรื่อง เพื่อจัดทำเป็นเอกสารบันทึกความเข้าใจระหว่าง รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ กับรัฐมนตรีกระทรวง METI ของญี่ปุ่น ซึ่งจะลงนามช่วงเดียวกับการลงนาม JTEPA ได้แก่ ความร่วมมือเพื่อสนับสนุนครัวไทยสู่โลก ความร่วม มือด้านอุตสาหกรรมเหล็ก อุตสาหกรรมยานยนต์ อุตสาหกรรมสิ่งทอและเครื่องนุ่งห่ม การประหยัดพลังงาน เศรษฐกิจที่สร้างมูลค่า และหุ้นส่วนระหว่างภาครัฐกับภาคเอกชน

ขั้นตอนต่อไปหลังจากวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2549 คือ คณะผู้เชี่ยวชาญด้านกฎหมายของทั้งสองฝ่ายจะดำเนินการตรวจร่างความตกลงทั้งฉบับ เพื่อเตรียมการลงนามสำหรับนายกรัฐมนตรี ทั้งสองฝ่ายในวันที่ 3 เมษายน 2549 และเมื่อผ่านขั้นตอนภายในของแต่ละประเทศแล้ว น่าจะดำเนินการให้ความตกลงมีผลใช้บังคับได้ภายใน 1 ตุลาคม 2549

อย่างไรก็ดี ภายหลังจากการประกาศยุบสภาฯ ของฝ่ายไทย เมื่อวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2549 ทำให้แผนการลงนามความตกลง JTEPA ที่กำลังจะเกิดขึ้นในวันที่ 3 เมษายน 2549 ต้องเลื่อนออกไป โดยนายพิศาล มาณวพัฒน์ รองปลัดกระทรวงการต่างประเทศในฐานะหัวหน้าคณะเจรจาเขตการค้าเสรีไทย-ญี่ปุ่น ได้ชี้แจงผ่าน Website ของสำนักงานเขตการค้าเสรีไทย-ญี่ปุ่น เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2549 ว่าได้เชิญนายฮิเดอะกิ โคบะยะชิ เอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทย มาพบ เพื่อแจ้งให้ทราบอย่างเป็นทางการว่า ผลจากการยุบสภาและการกำหนดให้มีการเลือกตั้งในวันที่ 2 เมษายน 2549 ทำให้ไทยไม่สามารถลงนามความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจไทย-ญี่ปุ่น (JTEPA) ได้ตามกำหนดเดิม จำเป็นต้องรอให้รัฐบาลใหม่เข้ารับหน้าที่และพิจารณาทั้งในแง่สารัตถะและกำหนดวันที่จะลงนามใหม่

นอกจากนี้ เมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2549 กระทรวงการต่างประเทศ โดยหัวหน้าคณะเจรจาเขตการค้าเสรีไทย-ญี่ปุ่น ได้เชิญหน่วยงานทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับการเจรจาความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจไทย-ญี่ปุ่น (JTEPA) จาก 15 กระทรวง อาทิ กระทรวงพาณิชย์ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ กระทรวงอุตสาหกรรม กระทรวงการคลัง กระทรวงแรงงาน กระทรวงสาธารณสุข กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา รวมทั้งหน่วยงานอิสระ อาทิ ธนาคารแห่งประเทศไทย สำนักงานอัยการสูงสุด สำนักงานคณะกรรมการการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง เข้าร่วมประชุมและรับทราบว่าจากผลของการยุบสภา เมื่อ 24 กุมภาพันธ์ 2549 ที่ผ่านมา ไทยได้แจ้งญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการแล้วถึงการเลื่อนการลงนาม JTEPA ออกไป ซึ่งจำเป็นต้องรอให้รัฐบาลใหม่ที่จะเข้ารับหน้าที่ หลังการเลือกตั้ง พิจารณาอีกครั้งทั้งในแง่สารัตถะและกำหนดวันที่จะลงนาม

อย่างไรก็ดี กระทรวงการต่างประเทศ โดยหัวหน้าคณะเจรจาไทย-ญี่ปุ่น ได้ขอความร่วมมือทุกหน่วยงานให้เดินหน้าเตรียมการร่างความตกลงที่สมบูรณ์ที่จะให้คณะรัฐมนตรีใหม่สามารถพิจารณาได้ทันที แม้วันลงนามจะเลื่อนออกไป และเพื่อประสานงานการเตรียมการรองรับการมีผลของ JTEPA ในอนาคต ที่ประชุมได้แลกเปลี่ยนความเห็นกันเกี่ยวกับพันธกรณีภายใต้ความตกลงและหน่วยงานเจ้าภาพหลักและ เจ้าภาพรองที่จะรับหน้าที่ในการดำเนินการตามพันธกรณีที่ไทยจะมีในความตกลงนี้ โดยมีมติว่าทุกหน่วยงานจะนำเรียนผู้บังคับบัญชาระดับนโยบาย และแจ้งความเห็นให้สำนักงานเจรจาเขตการค้าเสรีไทย-ญี่ปุ่น รวบรวมจัดทำเป็นความเห็นร่วมของทุกหน่วยงาน เพื่อนำเสนอคณะรัฐมนตรี ภายใน 12 เมษายน 2549

ที่ประชุมได้หารือเกี่ยวกับการประชาสัมพันธ์ให้ประชาชน ผู้ประกอบการ เกษตรกร ผู้มีส่วนได้เสียทุกฝ่ายได้ทราบข้อมูล สาระสำคัญโดยเฉพาะสิทธิประโยชน์และวิธีการใช้ประโยชน์จาก JTEPA และเห็นพ้อง ที่จะจัดทำคู่มือการใช้ประโยชน์จากความตกลงทั้งในภาพรวมและรายสาขา เพื่อเผยแพร่ประโยชน์และวิธีการใช้ประโยชน์ให้สาธารณชนได้ทราบอย่างทั่วถึงด้วยสื่อต่างๆ และการสัมมนา ฯลฯ โดยกระทรวงการต่าง ประเทศรับจะจัดทำคู่มือในภาพรวม และทุกหน่วยงานจะพิจารณาดำเนินการรายสาขาเฉพาะเรื่อง เมื่อสำนักงาน JTEP หมดหน้าที่ยุบตัวลงภายในสิ้นปีงบประมาณ 2549 แล้ว กระทรวงพาณิชย์จะเป็นศูนย์กลาง ในการประชาสัมพันธ์ ขยายผล เช่นเดียวกับที่ดำเนินการในความตกลง FTA ฉบับที่ผ่านมา

นอกจากนี้ อธิบดีกรมเจรจาการค้าระหว่างประเทศ** ได้ชี้แจงว่า "การเจรจาทวิภาคีทั้งหลายโดยเฉพาะอย่างยิ่งการเจรจา FTA ในเวลานี้ต้องหยุดหมดจนกว่าจะได้รัฐบาลใหม่ที่จะให้นโยบายว่าจะดำเนินการ อย่างไรต่อไป ช่วงนี้ ในส่วนของหน่วยงานราชการที่เกี่ยวข้องคงต้องเตรียมงานไว้ในเรื่องประเด็นการเจรจา หากรัฐบาลใหม่สั่งเดินหน้าก็พร้อมทันที"

สำหรับ การเจรจาระดับทวิภาคีเพื่อขยายการค้า การลงทุนกับต่างประเทศที่ต้องหยุดชะงักลงในช่วง 2 เดือนจากนี้ไปมี 8 กรอบการเจรจา ที่สำคัญ ประกอบด้วย

• FTA ไทย-ญี่ปุ่น ( ตามกำหนดการเดิมรัฐบาลทั้งสองฝ่ายจะลงนามกันในวันที่ 3 เม.ย.ศกนี้)



• FTA ไทย-สหรัฐฯ (เดิมจะมีการเจรจารอบ 7 ที่สหรัฐฯ ช่วงเดือน มี.ค.)



• FTA ไทย-อินเดีย (กำหนดการเจรจารอบที่ 11 ระหว่างวันที่ 6-10 มี.ค. ที่อินเดีย)



• FTA ไทย-เปรู (กำหนดเจรจารอบที่ 8 ในเดือนมี.ค. ที่เปรู)



• FTA ไทย-EFTA (สวิตเซอร์แลนด์ นอรเวย์ ไอซ์แลนด์ ลิคเทนสไตล์) (กำหนดเจรจารอบที่ 3 และ 4 เดือนเม.ย.และ พ.ค.ที่สวิตเซอร์แลนด์)



• FTA ไทย-BIMSTEC ( บังคลาเทศ อินเดีย พม่า ศรีลังกา ภูฏาน เนปาล ไทย) (กำหนดเจรจาครั้งที่ 12 ในเดือน เม.ย.ที่ศรีลังกา)